Strukturu Srpskog saveta za izbeglice čine Skupština, Upravni odbor, Sekretarijat i Nadzorni odbor.  
Skupština je najviši organ SSI, a čine je po tri predstavnika iz svake organizacije članice.  

Upravni odbor je upravni organ Srpskog saveta, a sastoji se od po jednog predstavnika kojeg delegira organizacija članica. 
Članovi Upravnog odbora 2005-2007: 
Danijela Korać-Mandić (NSHC) - Predsednica UO 
Miodrag Linta (SDF) - Zamenik Predsednice UO

Dejan Milošević (PROTECTA) 
Branko Vujadinović (IAN) 
Boris Marković (Zdravo da ste)
Tanja Pavlov (Grupa 484)  
                          
Sekretarijat je izvršni organ Srpskog saveta na čijem je čelu Generalni sekretar. U okviru Sekretarijata deluje Dokumentaciono-istraživački centar, a u razvoju su i druge programske jedinice, neposredno vezane za ključne teme SSI.  
Sekretarijat čine: 

Anika Krstić (Generalna sekretarka SSI)

 Suzana Budić Miloševićć (Asistentkinja na programu) 

Slaviša Raković (Koordinator Dokumentaciono istraživačkog centra SSI) 

                            
Nadzorni odbor je organ SSI koji nadzire ispravnost poslovanja, a se sastoji od tri (3) člana koje predlaže, bira i razrešava Skupština SSI.